南北朝時期的少林寺：少林寺始建於北魏太和十九年（495年），當時魏孝文帝接見了天竺高僧跋陀，見他「性愛幽棲，林谷是托。屢住嵩岳，高謝人世。」於是在嵩山少室山的叢林中為跋陀建造寺院。因寺院坐落於少室山的叢林中，因此稱為「少林寺」。同時，孝文帝敕封跋陀為少林寺開山住持。跋陀住持少林寺期間，做了大量翻譯經書的工作，同時亦開始少林寺練習功夫的傳統。依登封市志記載（1453頁）：「跋陀住持少林寺期間，會同另兩位天竺國高僧菩提流支和勒那摩提，以少林寺為譯場。譯出了《十地經論》等大量佛教經典……嵩山少林寺的甘露台就是當年跋陀大師譯經、傳法的遺址。」再者，依登封市志記載（311頁）：「跋陀住持少林寺時，許多身懷武術技藝者入寺為僧，跋跎的弟子慧光、僧稠就是其中的代表人物。」據南北朝梁初慧皎編著的《高僧傳》記載：「跋陀在洛陽時，看見約十多歲的惠光在天街井欄上反踢毽子，一連踢五百個。」在此危險的地方反踢毽子，可見慧光有高超的技藝，這其中當含有武術的成分。此外，《登封市志》（311頁）又有以下記載：「唐代張鷟著的《朝野金載》記述了僧稠習武的事蹟：『幼落髮為沙彌，時輩甚眾，每休暇，常角力騰趠為戲。而禪師以劣弱見凌，給侮毆擊者相繼，禪師羞之。』」僧稠在角力格鬥時，由於受會武功的沙彌毆擊，於是開始發奮練功，最後練得「筋骨強勁」、「拳捷驍武」、「引重千釣」。他甚至能「橫踏壁行」而「躍至梁首」。先前曾以武功欺侮他的僧人觀看了他的武功後「俯伏流汗」。

由上述記載可見少林寺由創始開始已是注重弘揚佛法，同時也強調武術的練習。就如跋陀的著名弟子慧光，協助跋陀做了大量的思想工作和組織工作，起到了多方面的作用，最終使譯經事業得到成功。慧光不但對譯經事業有重要貢獻，亦是一個武術非凡的人。所以，少林寺習武的歷史始於太和十九年跋陀任住持期間。

少林寺也是「律宗祖庭」。南北朝時期，佛教倡盛，因此國家對寺院僧侶逐漸開始嚴格管理。同時，佛門也開始實行戒律以提升僧侶的質素。在政治、社會及宗教的影響下，就產生了研究律學、講授律學的律師，律宗因而產生。中國佛教的律宗開山始祖是少林寺的慧光大師。慧光大師俗姓楊，十三歲歸依嵩山少林寺佛陀扇多，不久出家為僧。佛陀扇多以戒律為修行之本，命剛入佛門的慧光學習《四分律》，並依戒修持。之後，慧光在少林寺翻譯佛典，又根據各律家的口傳，作《四分律疏》，亦編定《羯磨戒本》，漸為律僧們傳誦。東魏年間任「國僧都」，北齊天保年間為「國僧統」，所以後世律僧們尊慧光為「光統律師」和四分律宗的開山始祖。

隋唐時期的少林寺：到了隋代，因為文帝生長於寺院內並且為尼姑苦養，所以他立國後頗重視佛教。少林寺當時受賜田地一百頃，成為擁有大量田地的寺院，而大量的資產亦使少林寺快速發展起來。隋末唐初時期，少林寺武僧為李世民平定在洛陽擁兵稱帝的王世充。之後，李世民大加封賞少林武僧，賜地四十頃，因此少林寺名聲大震天下。少林寺被李世民賜封後受唐王朝的崇敬，唐高宗李治、武則天等多次駕幸少林寺。中唐以後，隨著社會對禪宗的推祟，少林寺以禪宗祖庭的地位成了禪學的中心。

唐代時期，惟寬禪師落跡於少林寺。惟寬禪師是南嶽懷讓的徒孫，道一的弟子。南嶽懷讓是六祖慧能大師的法嗣，惟寬禪師自然傳承了慧能大師的南宗禪法，並在少林寺弘揚頓悟禪法。元和四年，唐憲宗召見惟寬禪師，並於元和十二年說法於傳法堂，當時在席者贊善大夫白居易問惟寬禪師何故說法？惟寬禪師答曰：「無上菩提者，被於身為律，說於口為法，行於心為禪，應用有三。其實一也。如江湖河漢，在處立名，名雖不一，水性無二。律即是法，法不離禪……云何於中，妄起分別……心本無損傷，云何要修理。無論垢與淨，一切無念起……如人眼睛上，一物不可住。金屑雖珍寶，在眼亦為病……凡夫無明，二乘執著。離此二病，是名真修。真修者，不得勤，不得忘。勤即近執著，忘即落無明。此為心要云爾。」惟寬禪師俗壽六十三歲，圓寂後白居易為他撰書《傳法堂碑》。

唐永淳二年（683年），弘忍大師的嫡傳弟子法如禪師回到少林寺，傳法六年。法如大師十九歲出家，於唐顯慶六年（661年），到湖北黃梅雙峰山東山寺弘忍門下，參學定慧二門。弘忍十分氣重法如，「默辨先機，即授其道，開佛密意，頓入一乘」。法如認真參學，侍奉弘忍十六年。唐咸亨五年（674年）弘忍圓寂後，法如禪師便落跡少林寺。法如禪師雖然在少林寺只傳法六年，但是影響甚深，波及全中國。法如禪師圓寂後，少林寺為他造塔、樹碑、講述大師一生事蹟，當中有記載禪宗傳承：「南天竺三藏法師菩提達摩，紹隆此宗。武步東鄰之國，傳曰神化幽跡。入魏傳可，可傳粲，粲傳信，信傳忍，忍傳如。當傳之不可言者，非曰其人，孰能傳哉！」有史學家由此推論法如禪師是弘忍的嫡傳法嗣，禪宗六祖。但是法如禪師沒有嫡傳法嗣，後繼無人，所以他的事蹟及教理並沒有傳續，他禪宗六祖的地位更鮮為人知。由上述歷史資料可知少林寺的禪宗家風早於唐代確立。

宋元時期的少林寺：宋末時期禪門曹洞宗已傳入少林寺，但到了金末元初才發揚光大。因當時曹洞大師萬松行秀於嵩山弘法，一生度弟子以數千計。萬松行秀自稱其法為禪門儒學「忘死生，外身世，毀譽不能動，哀樂不能入，因緣時會以治國家。」又曰：「欲治其國，先正其心。未有心正而天下不治者，而治心唯有佛。」萬松行秀弟子多是釋儒兼備，當中較為突出者有乳峰德仁、靜照复安及雪庭福裕。雪庭福裕於金天興元年，遊方到燕山，跟從萬松行秀參學十年。元定宗乙巳年（1245年），元世祖忽必烈命福裕禪師住持少林寺，後更賜「光宗正法大禪師」之號。雪庭福裕大宗師，釋儒兼備，「教人亦性善，當仁能仁」。雪庭福裕住持少林寺期間改十方叢林制為子孫承襲制。修建被戰亂破壞的寺院，並且擬定以「福」字為首的七十字少林釋氏源流世譜。他不但將曹洞宗建立為少林家風，更使少林寺達到空前的發展，僧尼參禪有序，諸剎金碧一新。故被譽為少林寺的「開山祖師」。

元朝建立初期，少林寺得到朝廷的支持及推祟，因此成為當時一所地位祟高的佛門寺院。同時，少林寺也極力維護元朝的王帝。當時少林寺與朝廷的關係十分密切，即使元朝曾下令禁止民間習武及鑄造兵器，但卻不禁止少林寺習武。但是，隨著政權的變化，元朝末年天下大亂，擁護元王朝的少林寺也成了反元者的攻擊對象。依明洪武六年《嵩岩俊公和尚塔銘》中記載：「至正之末，天下大亂，玆寺失守。」少林寺一度被紅巾軍打敗並且被攻陷。

明朝時期的少林寺：無言正道（1547–1623年），是明末的少林高僧和欽命的少林寺住持，亦是少林寺永化堂的開山祖師。正道大師，字無言，號雪居，人稱無言道公。江西洪都人，俗姓胡，生於明嘉靖丁未年，他不但佛法精湛，亦享有很高的社會地位。萬曆年間，初到少林寺拜幻休為師。在幻休數百名弟子當中，道公最出色，深得幻休真傳，為幻休最得意的弟子。在幻休圓寂後，道公被登封縣令及寺院僧眾推舉為少林寺住持。明代萬曆二十年，道公受皇封欽命為第二十六代少林寺住持。當時道公身邊還有八位王子隨他出家，而隨這幾位王子到少林寺的還有太醫、御醫、賢仕才子及武功高強者。這些大德薈萃在少林寺，漸漸形成了少林寺的禪武醫文化及修行方法。道公主持少林寺三十一年間，重修寺院，整頓寺風，提倡禪學，他不但是少林寺住持，還是少林寺曹洞宗開山宗師，是當時北禪宗的首領，被稱譽為「僧中之杰」。道公任住持期間，少林禪學、武學、醫學得到空前的發展，也是少林寺永化堂禪武醫發展最輝煌的時刻。

清朝時期至民國的少林寺：至清末開始，少林寺輝煌的時期便告結束。由清末到文革時期少林寺不斷受到壓制及毀滅，少林的武術及文化，一度面臨毀亡失傳的命運。清朝康熙中後期，「反清復明」的民間力量壯大，而同時又有民間宗教組織利用少林功夫反清，所以清廷開始削弱及壓制少林寺。清康熙五年，住持海寬大和尚圓寂後，清朝皇廷終止了任命少林寺住持，使傳承了數百年的欽命住持制度終結。因此，少林寺出現了混亂的局面。依清代張恩明《重建慈雲庵碑》記載：「法堂草長，宗徒兩散」，可以想像當時少林寺衰敗的情況。雍正乾隆年間，因為民間宗教利用少林功夫反清的活動日漸增加，清廷甚至把少林武僧的活動視為「邪教」。清乾隆五年，河南巡撫雅爾圖奏摺記述：「……如少林寺僧徒，向以教習拳棒為名，聚集無賴、兇狠不法之輩，效尤成風。邪教之人傳意，誘騙此等入夥，以張羽翼。」但是，即使受到清廷的壓制，少林僧人卻沒有停止習武，但為了避開清廷的查究，習武由公開變為秘密。少林寺的千佛殿，原為藏經和佛像的地方，變成了少林僧人秘密的練功房。現在殿內地上被腳踩出了四十八個深深的腳坑，傳說便是清代少林武僧演練內功「心意把」所留下的。除了千佛殿外，偏遠的少林寺下院也成為武僧私密習武的地方。由於清廷的壓迫，自清末開始，不少少林僧人便紛紛逃離少林寺隱居深山私密習武。

民國期間（1911–1949年），少林寺更遭受一場大難。一九二八年軍閥混戰，當時建國軍樊鍾秀在少林寺設司令部。軍閥石友三，遂縱火焚燒少林寺，熊熊大火延燒數十日，寺內許多建築和文物都被化為灰燼。當中包括天王殿、大雄寶殿、禪堂等，亦包括藏經閣及閣內所有的拳譜、經卷、醫書等。少林寺遭焚毀後，少林僧人亦四散，少林寺進一步衰落。文化大革命期間（1966–1976年），宗教場所遭到極嚴重的破壞，宗教活動被打壓。僧人被強迫還俗，一切宗教行為都不能進行。少林寺也和其他寺院一樣，一切活動被迫停止。整個寺院破落凋零，殘垣斷壁，少林寺更加衰落。依釋永信及阿德所著《少林功夫》一書所載：「二十世紀八十年代初期，這時少林寺只剩下十三個年老僧人，少林功夫更是命若懸絲，近二十年來，儘管有七個還俗僧人回到寺院，但是十九個年老僧人已相繼去世，現在只剩下一個老輩僧人了……」

依上述的歷史資料分析，由清末到文革時代，因為政治的動盪，近代少林文化有三大特質：（1）一些僧人是為了保護自己及少林文化而被迫還俗隱居；（2）習武由公開變成秘密，傳授少林功夫也變為隱閉；（3）少林寺內文物經典遭嚴重毀滅，而少林功夫及典籍因少林僧人還俗而流散民間。